Cawangan ini bertanggungjawab dalam memastikan pengurusan pentadbiran dari segi pembangunan, sumber manusia, kewangan, perkhidmatan sokongan, pengurusan latihan serta menggalakkan pembudayaan inisiatif penambahbaikan kualiti dan penyelidikan dalam perkhidmatan farmasi dapat dilaksanakan dengan lebih berkesan dan berkualiti. Pelbagai usaha telah dijalankan di Cawangan Pengurusan Farmasi bagi memantapkan dan mengukuhkan lagi pelaksanaan sistem kerja antaranya pengemaskinian myPortfolio dari masa ke semasa, pengurusan fail dan surat menyurat, pemantauan perbelanjaan kewangan dan projek-projek pembangunan farmasi di fasiliti kesihatan serta pelaksanaan latihan-latihan yang dapat meningkatkan kecekapan dan pengetahuan anggota farmasi.

Seksyen-seksyen di bawah Cawangan Pengurusan Farmasi adalah:

1. Unit Pentadbiran dan Kewangan Farmasi
2. Seksyen Pengurusan Profesional Farmasi
3. Seksyen Infrastruktur dan Informatik Farmasi
4. Seksyen Kualiti dan R&D Farmasi

• Unit Pentadbiran dan Kewangan Farmasi

• Merancang dan mengurus Pentadbiran Kewangan dan Perkhidmatan anggota farmasi di ibu pejabat Bahagian Perkhidmatan Farmasi Negeri Sembilan bagi menyokong perlaksanaan strategi dan program-program farmasi.
• Memastikan perancangan, pembangunan fizikal dan pengagihan sumber-sumber utama termasuk kewangan bagi pelaksanaan strategi, program dan aktiviti farmasi dapat dilaksanakan dengan berkesan.
• Memastikan keberkesanan pentadbiran dan pengurusan aset, logistik termasuk ubat dan bukan ubat serta peralatan dapat diurus sebaiknya selaras dengan objektif farmasi.
• Menyelaras dan mengurus aduan di peringkat jabatan

• Seksyen Pengurusan Profesional Farmasi   

• Mengurus permohonan cadangan penempatan dan pertukaran Pegawai Farmasi, Penolong Pegawai Farmasi dan Pegawai Farmasi Provisional (PRP) di Negeri Sembilan.
• Menyelaras proses pendaftaran penuh bagi Pegawai Farmasi Provisional (PRP)
• Merancang, mengurus dan memantau pelaksanaan dan prestasi peruntukan dan perbelanjaan bagi Pembangunan kompetensi dan latihan selaras dengan Pelan Operasi Latihan (POL) Program Perkhidmatan Farmasi.
• Memantau mata CPD Pegawai Farmasi dan Penolong Pegawai Farmasi.
  
  
• Seksyen Infrastruktur dan Informatik Farmasi

• Merancang dan memantau pelaksanaan projek pembangunan seperti projek menaiktaraf dan baru bagi fasiliti farmasi dihospital dan klinik kesihatan di Negeri Sembilan.
• Mengurus dan memantau perolehan peralatan, aset perubatan dan bukan perubatan bagi fasilti farmasi di Negeri Sembilan.
• Merancang dan menyelaras keperluan latihan berkaitan ICT kepada anggota jabatan.
• Memantau keperluan prasarana ICT, keselamatan ICT, penyelenggaraan peralatan/ rangkaian/bilik server dan perisian ICT jabatan.
• Memantau khidmat sokongan teknikal berkaitan ICT jabatan
• Penyebaran maklumat farmasi melalui laman web jabatan
• Merancang, menyediakan, melaksanakan dan memantau polisi berkaitan ICT jabatan.
  
  
  
• Seksyen Kualiti dan R&D Farmasi
  • Merancang aktiviti –aktiviti berkaitan kualiti dan penyelidikan farmasi Negeri Sembilan.
  • Memantau pelaksanaan aktiviti berdasarkan Petunjuk Prestasi Utama (KPI),Kamus Petunjuk Prestasi Bagi Bajet Berasaskan Outcome (OBB), Akreditasi, ISO, EKSA dan QAP.
  • Memantau prestasi pencapaian Perkhidmatan Farmasi dan mengambil tindakan penambahbaikan serta mengesyorkan tindakan pencegahan.