Bahagian Perubatan diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri (Perubatan), berfungsi dalam merancang, menyelaras, memantau dan menilai pelaksanaan perkhidmatan kesihatan meliputi perkhidmatan diagnostik, rawatan dan pemulihan pesakit yang berkualiti, berkesan dan mudah diperolehi. Selain itu, bahagian ini bertanggungjawab ke atas pengurusan sumber, pembangunan modal insan dan juga pengurusan perkhidmatan perubatan bagi hospital-hospital di Negeri Sembilan.

Bahagian Kesihatan Awam yang diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri (Kesihatan Awam) adalah bahagian yang bertanggungjawab menyediakan pelbagai perkhidmatan kepada masyarakat di Negeri Sembilan secara komprehensif melalui Perkhidmatan Kesihatan Keluarga, Penjagaan Kesihatan Primer, Kawalan Penyakit Berjangkit dan Penyakit Tidak Berjangkit, serta Pendidikan dan Promosi Kesihatan. Pelbagai program kesihatan, pencegahan, perawatan dan pemulihan diadakan bagi mencapai tujuan tersebut.

Bahagian Kesihatan Pergigian adalah bahagian yang bertanggungjawab dalam hal ehwal kesihatan oral dan pergigian di Negeri Sembilan. Bahagian ini diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri (Pergigian) berperanan untuk menyediakan perkhidmatan kesihatan pergigian kepada setiap lapisan masyarakat di Negeri Sembilan supaya mencapai tahap kesihatan mulut yang optimum melalui aktiviti promosi, pencegahan, perawatan dan pemulihan. Perkhidmatan rawatan pergigian yang menggunakan kemudahan teknologi yang terkini termasuk penjagaan kesihatan pergigian primer, kesihatan pergigian masyarakat dan kesihatan pergigian kepakaran.

Bahagian Perkhidmatan Farmasi diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri (Farmasi), bertanggungjawab untuk memastikan perancangan strategik dan dasar dilaksana mengikut sasaran yang ditetapkan, pengagihan sumber manusia mengikut keperluan dan kepentingan perkhidmatan, pembangunan modal insan yang relevan serta memastikan urusan pentadbiran dan kewangan mengikut peraturan. Bahagian ini juga berperanan mengoptimakan terapi ubat-ubatan dan pemberian penjagaan farmaseutikal dengan memastikan pengurusan pemilihan, pembelian dan pengedaran farmaseutikal yang berkesan serta penggunaan ubat yang rasional dan kos-efektif melalui perkhidmatan farmasi profesional dan farmasi klinikal yang terkini.

Bahagian Keselamatan dan Kualiti Makanan di peringkat negeri diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri (Keselamatan dan Kualiti Makanan), manakala di peringkat daerah pelaksanaan aktiviti adalah di bawah Unit Keselamatan dan Kualiti Makanan, Pejabat Kesihatan Daerah. Bahagian ini bertanggungjawab dalam merancang, melaksana, memantau dan menilai aktiviti keselamatan dan kualiti makanan bagi melindungi masyarakat daripada bahaya-bahaya kesihatan yang berpunca daripada pencemaran makanan dan penipuan dalam penyediaan, penjualan dan penggunaan makanan.

Diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri (Pengurusan) berperanan dalam urusan penyampaian perkhidmatan yang efisien dan efektif dalam semua bidang pengurusan kepada Pusat Tanggungjawab (PTJ) dan perkhidmatan awam secara khususnya. Bahagian ini bertanggungjawab memberi perkhidmatan sokongan untuk merancang, membekal dan mempertingkatkan perkhidmatan-perkhidmatan pentadbiran personal, kewangan, latihan, kontrak dan bekalan, pembangunan, ICT, kualiti, kaunseling dan tatatertib bagi memastikan visi dan misi jabatan dapat dicapai.